C'est dû aux notes transparentes (\hideNotes) qui sont en fait une octave trop hautes. Et comme elles sont invisibles et pas supprimées elles prennent de l'espacement vertical.
Rajouter un , à la première note de upper (après le \change Staff = "lower"), mais je réitère ma proposition d'utiliser en plus removeNotes au lieu de hideNotes comme proposé ici.