Ben déjà ils bossent avec Finale. Ne les accablons pas ! 
Je ne suis pas spécialiste des différences entre Finale et les autres, mais on m'a dit qu'ils utilisaient Sibelius. Ce qui est un peu mieux je crois. M'enfin c'est vraiment pour le plaisir de chipoter que je dis ça !
Ah oui, quand-même, ils flèchent carrément le parcours... bon ça me fait réfléchir tout ça (aaaaïïïeuh !) et je crois que je vais opter pour la légèreté, effectivement.
Oui, c'est... particulier. Le genre d'erreur à éviter à tout prix : isoler une note par un changement de portée, comme à la première mesure. Le la devrait être dans la portée supérieure. Qu'il y ait deux interlignes supplémentaires n'est pas gênant pour un clavieriste.
Après, on peut toujours le faire, comme ici : http://216.129.110.22/files/imglnks/usimg/4/43/IMSLP00815-BWV0685.pdf
Dans le premier système, les changements de portée de la seconde voix ont 3 justifications :
- avec les ligatures, les changements de portée sont très visuels, aussi les lit-on naturellement
- cela suggère de prendre ces notes à la main gauche
- il y a une logique entre eux, ce qui rend plus aisée la lecture.
Quand on ne connaît pas les habitudes, c'est difficile de décider... Il faut faire son expérience.
En tout cas, dans de nombreux cas il faut éviter la logique : portée du haut = main doite, portée du bas = main gauche. Surtout pour la musique d'orgue polyphonique.
Un bon organiste préfère généralement avoir, par exemple, deux voix sur la portée du haut et deux en bas pendant tout le morceau. On privilégie la logique par voix à la logique de clavier. Mais ça ne marche facilement que dans peu de cas. En tout cas, la "règle" est de ne jamais mettre de trait de changement de portée, à moins qu'il y ait un ambiguïté musicale (ce qui est rarissime).
"Hélas", la musique d'orgue est sans doute la plus difficile à graver. Contrairement au piano, on s'interdit presque toujours la notation par accord (avec laquelle toute partition polyphoniquement un peu complexe devient un cauchemar). Et on aime aussi que les partitions soient carrées et ultra-logiques 
Étudier les partitions d'orgue du Bach-Gesellschaft Ausgabe crée par Breitkopf au XIXème (de 1851 à 1900 !) est sans doute la meilleure solution pour savoir ce qu'il faut faire et oser certaines choses. On peut tout trouver sur IMSLP. Presque aucun éditeur n'arrive à éditer des partitions si complexes. C'est le travail de nombreuses personnes de talent (dont un certain Dr. Franz Liszt et un autre Dr. Johannes Brahms : http://216.129.110.22/files/imglnks/usimg/0/0b/IMSLP02107-BGA_01_Preface.pdf ).
Il ne faut pas se fier à l'apparence "maigre" et fine de la partition. J'ai vu un exemplaire de l'époque dans un temple, c'est (presque) aussi beau que du LilyPond. Sans doute le scan est-il en cause.
Comme exemple, je donnerais ceci http://imslp.info/files/imglnks/usimg/8/88/IMSLP00797-BWV0552.pdf dont on m'a commandé une édition LilyPond cette année... La fugue (à partir de la page 12) est particulièrement intéressante...
Ou encore les deux derniers systèmes de http://216.129.110.22/files/imglnks/usimg/3/38/IMSLP00809-BWV0680.pdf
Ce n'est pas une bible de la gravure, il y a à mon sens des petits défauts de gravure dedans. Mais cela permet de voir à quoi l'organiste professionel est gavé. Et d'oser !